A Mata Atlântica e seus ecossistemas associados cobriam, à época do descobrimento, 1.360.000 km2. Atualmente, apenas aproximadamente 8% da área do bioma preserva suas características bióticas originais. Apesar da devastação a que foi submetido, abriga ainda altíssimos níveis de riqueza biológica e de endemismos.

Diante do estado atual de degradação do bioma Mata Atlântica, o Ministério do Meio Ambiente desenvolveu o subprojeto Avaliação e Ações Prioritárias para a Conservação da Biodiversidade nos Biomas Floresta Atlântica e Campos Sulinos, no âmbito do Projeto de Conservação e Utilização Sustentável da Diversidade Biológica Brasileira (PROBIO). As áreas definidas como prioritárias foram classificadas em quatro níveis de importância biológica nos grupos temáticos.

A região de intervenção do Projeto Gigante Guarani foi identificada por este trabalho como Pardinho, código Ma222, classificada como insuficientemente conhecida, prioridade de conservação alta, com as seguintes características: Fragmentos contínuos com espécies características de altitude; ao longo da Serra de Botucatu. Registro de onça parda (Felis concolor). As ações recomendadas pelo MMA são: Inventário Ambiental, Recuperação de Áreas Degradadas e Criação de Mosaicos/Corredores.

A região das Cuestas Basálticas e Baixada Serrana é muito privilegiada no que diz respeito aos recursos naturais. Nela se encontram importantes fragmentos de Mata Atlântica que remontam o patrimônio genético presente antes da última era glacial, há aproximadamente oito mil anos atrás. A região também consta o Cerrado paulista, com uma área remanescente estimada em menos de 1%, mas apresentando manchas significativas na sua área de abrangência. Esta situação denota que esta região está inserida numa zona de Ecótono, ou seja, zona de contato entre diferentes biomas, incluindo suas áreas de transição. As áreas selecionadas para restauração apresentam fragmentos do bioma Mata Atlântica, Floresta Estacional Semidecidual no interior de propriedades particulares.

Estes fragmentos, em sua grande maioria, são de vegetação secundária em estágio médio e avançado de regeneração. Algumas propriedades apresentam áreas de pastagem abandonadas com vegetação nativa em estágio pioneiro e inicial de regeneração da Mata Atlântica. Outras apresentam as APP com atividades agropecuárias e também serão objeto de adequação ambiental.