A Mata Atlântica situada nos enclaves de Cuesta já foi apontada como prioritária para a conservação de mamíferos e aves conforme relatório da Conservação Internacional (2000) e alvo de esforços para implantação de corredores de biodiversidade pelo programa Biota (2004), pelo Comitê Gestor da APA (2011), perímetro Botucatu, e pelo Programa Gigante Guarani (2014). Por se tratar de região de transição de biomas, zona de ecótono, comporta alta biodiversidade. Estudos de fauna e flora indicam a presença de espécies endêmicas e ameaçadas de extinção como:
- Lontra (Lontra longicaudis)
- Papagaio verdadeiro (Amazona aestiva)
- Urubu-rei (Sarcorhanphus papa)
- Lobo-guará (Chrysocyon brachiurus)
- Jaguatirica (Leopardus pardalis)
- Onça-parda (Puma concolor)
- Cutia (Cuniculus paca)
As restaurações ecológicas previstas apresentam potencial para conexão de pequenos fragmentos florestais nativos, o que contribui para a recuperação da paisagem na região e dos serviços ecossistêmicos, fundamentalmente a produção e conservação da água. As áreas propostas para restauração englobam um corredor ecológico que está em consonância com o zoneamento da APA Perímetro Botucatu e com as propostas de corredores amplamente dialogadas no âmbito do Programa Gigante Guarani.
